W normalnych warunkach w naszym przewodzie pokarmowym bytują liczne drobnoustroje, które wraz z wdychanym powietrzem pokonały barierę kwaśnego soku żołądkowego. Osiedlają się one i rozwijają z różną intensywnością. Podstawową florę tworzą m.in. bakterie kwasu mlekowego (Lactobacillus), pałeczki jelitowe (głównie Enterococcus), paciorkowce (Streptococcus), pałeczki Gram-dodatnie (Bifidobacterium) oraz drożdżaki. Są one odpowiedzialne za rozkład niestrawionych przez enzymy resztek pokarmowych, biosyntezę niektórych witamin (w tym witaminy B12 i witamin z grupy K) oraz przede wszystkim za ochronę przed drobnoustrojami z zewnątrz. Niektóre z nich wytwarzają tzw. bakteriocyny, które ograniczają rozwój innych bakterii, a także kwas mlekowy i nadtlenek wodoru (ograniczające ich namnażanie). Ponadto stymulują odporność poprzez aktywację makrofagów i zwiększenie ilości komórek syntezujących przeciwciała IgA. Nie bez przyczyny mówi się, że aż 70% odporności zlokalizowane jest z jelitach.
Niestety naszą naturalną florę niszczą stosowane antybiotyki, nie sprzyja jej też uboga dieta oraz niektóre choroby. Dlatego też często wspomagamy się probiotykami, czyli szczepami żywych bakterii stanowiących nasza naturalną florę jelitową. Najbardziej znanymi probiotykami są Lactobacillus acidophilus (np. Bactilac NF), Bifidobacterium bifidum (np. Multilac) oraz Lactobacillus plantarum (np. Sanprobi IBS).
